Wspólnota parafialna w Zbyszycach istnieje prawdopodobnie od XIII wieku — najstarszy zachowany pisany ślad o jej istnieniu pochodzi z 1326 roku. Obecną świątynię ufundował na początku XV wieku Bartłomiej Kępiński, który przybył do Zbyszyc w 1426 roku z rodowego Kępna. Kościół konsekrował w 1447 roku krakowski biskup Zbigniew Oleśnicki.
Gotycka bryła, wzniesiona z kamienia łamanego i wzmocniona przyporami, w dużej mierze zachowała swój pierwotny charakter do dziś. Do wnętrza prowadzą gotyckie portale ozdobione herbem Niesobia, a w prezbiterium zachowały się cenne gotyckie stalle z przełomu XV i XVI wieku — jeden z najcenniejszych zabytków snycerskich Małopolski.
W latach 1565–1596 świątynia znajdowała się w rękach arian; po odzyskaniu przez katolików została na nowo poświęcona pod koniec XVI wieku. W XVIII wieku kościół przeszedł remont, wtedy też postawiono drewnianą dzwonnicę. Poważną próbą dla parafii był pożar z 2003 roku, który strawił dzwonnicę, dach i strop nad nawą, niszcząc bezpowrotnie XVII-wieczne malowidła sklepienia — świątynię odbudowano, przywracając jej dawny charakter.
Widok od północy, z drewnianą wieżą (niezachowaną)
Z drewnianą dzwonnicą (niezachowaną), od pd.-zachodu
Widok ogólny na wzniesieniu
Powstaje wspólnota parafialna w Zbyszycach (data przybliżona).
Pierwsza zachowana pisana wzmianka o istnieniu parafii.
Bartłomiej Kępiński przybywa do Zbyszyc z rodowego Kępna i funduje nową świątynię.
Konsekracja kościoła przez biskupa krakowskiego Zbigniewa Oleśnickiego.
Świątynia przechodzi w ręce arian.
Kościół wraca do katolików i zostaje na nowo poświęcony.
Remont kościoła; powstaje drewniana dzwonnica.
Opiekę duszpasterską nad parafią obejmuje Zgromadzenie Ducha Świętego.
Pożar niszczy dzwonnicę, dach i XVII-wieczne malowidła sklepienia — trwa odbudowa.